一是部分地区违法违规批准农用地转用和土地征收，征地补偿安置落实不到位，新增建设用地有偿使用费、耕地开垦费征收不到位。

  二是部分地区土地出让金收支管理不规范，违法违规出让土地，涉及52个地区。

  三是部分地区存在土地批而未供问题，闲置土地处置不到位，擅自改变土地用途。

  四是部分地区存在土地违规抵押融资问题，违规办理土地登记。

  五是部分地区违法违规占用土地，土地执法监管职责履行不到位，涉及51个地区。

  六是少数地区耕地占补平衡落实不到位，基本农田保护不到位。

  七是部分地区规划部门违规办理用地规划许可，发展改革部门未经土地预审或违反产业政策批准、核准建设项目，建设部门违规办理施工许可；

  八是部分地区违规下放土地管理审批权限。

  针对例行督察发现的问题，国家土地督察机构警示约谈了有关地方人民政府和部门的负责人1019人，分别向29个省(区、市)以及3个计划单列市人民政府发出32份例行督察意见书，通报了督察发现的问题，督促54个地区在规定时间内整改查处。

  截至2012年底，地方已立案查处土地违法案件8550件，结案7686件；重新补充耕地2.88万亩，复耕土地6.39万亩，补划基本农田2.99万亩；追缴土地出让收入和收缴罚款170.82亿元，补发征地补偿款18.96亿元，追缴耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费1.98亿元；收回闲置土地和盘活批而未供土地53.11万亩；拆除和没收地上违法建(构)筑物面积3571.84万平方米；给予党纪政纪处分2311人，移送司法机关追究刑事责任216人；撤销、解除或废止地方政府违规发布或签发的土地出让公告、合同、批文和建设用地规划许可证、工程施工许可证等1824件，撤销或废止违法违规政策性文件198件。